Atatürk Fen Lisesi 1982 yılında Türkiye'nin ikinci Fen Lisesi olarak kurulmuştur.
Atatürk Fen Lisesi Türkiye'nin ihtiyacı olan bilim adamlarını yetiştirmektedir. Atatürk Fen Lisesi kuruluşundan bu güne kadar bu amacından taviz vermemiştir.
Atatürk Fen Lisesi bu önemli görevi ve sorumluluğu almıştır. Atatürk Fen Lisesi imkanları doğrultusunda öğrencilerin tüm ihtiyaçlarını karşılamaktadır. Okul Aile Birliği ve Koruma derneği İstanbul Atatürk Fen Lisesi'nde çalışmalarını sürdürmektedir.
Atatürk Fen Lisesi 40 dönümlük geniş ve ormanlık bir bahçede öğretim binası, yatakhane, spor salonu ve tiyatro salonundan oluşmaktadır.
Atatürk Fen Lisesi 2007 yılından beri laboratuvarlarda bilgisayar destekli deneyler ve çalışmalar yapılmaktadır.
